Boa tarde companheiro Nascimento.
Não os separe, mantenha como estão, porque são dois controladores de sistemas diferentes.
Se fossem ambos PWM, sim seria bem melhor estarem separados, no seu caso não.
Só se deve misturar PWM e MPPT, por pouco tempo, tipo em caso de SOS, porque entram com o tempo em conflito, derivado às tensões de flutuação e equalização serem diferentes e descoordenadas.
Por isso o meu conselho é deixar como está.
O que pode fazer é se tiver acesso à junção das ligações em paralelo (o MC4 em Y), colocar as fichas MC4 já com os díodos. São estas do Link abaixo, é para ser colocado na ponta de cada positivo de cada painel, antes do Y, pode ser de 20A ou 30A.
Companheiro Nascimento, espero ter ajudado.
Cumprimentos.
Kimzé
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